当前关于创新生态系统( 创新 3. 0) 的思辨研究取得了一定的成就，迫切需要实证研究对思辨中提出的理念进一步深入探索和实际检验。建立适用于创新生态系统的评估指标体系，是引导创新生态系统建设、优化第三代创新政策的有效举措。本文从创新政策出发，研究创新生态系统评估的思路、方法和指标等题，建构了包含创新生态系统动态演化、可持续创新、开放性三个维度的创新生态系统评估指标体系。选择 2007 － 2016 年我国高新技术产业的相关数据进行实证评估。研究发现: 第一，我国高新技术产业创新生态系统增长空间较大，同时也佐证了当前的创新政策亟需转型。第二，近年来我国创新政策在促进高新技术产业种群结构方面取得了较好的效果，但目前种群之间协同创新仍动力不足。第三，在推动科技成果转化方面取得了一定成效，但在改善创新投入与产出比例上尚需调整政策，未来应追求更加广泛的系统开放性。第四，创新政策应注重促进创新生态系统动态演化、可持续创新和开放性等各方面的协同发展，避免因过度引导而产生的创新生态系统的畸形发展问题。